Sinopse:
O universo de Nabari no Ou se passa no Japão moderno, contando a saga de um grupo de ninjas. A história gira em torno de Miharu Rokujou, um garoto comum, pouco interessado pelo mundo que o cerca. Por esse motivo, ele procura levar a vida no seu próprio ritmo. Entretanto, devido a uma desconhecida técnica de batalha chamada de Shinra Banshou, o cotidiano do jovem não será nada tranquilo. Por algum motivo misterioso, essa poderosa habilidade está presa dentro do corpo de Miharu, e além da força incontestável, o Shinra Banshou é visado pela maioria dos ninjas existentes. A procura é tanta, que uma guerra para tentar conquistar o poder terá início. Na verdade Miharu é uma espécie de rei do mundo dos ninjas, mais conhecido com Nabari no Ou, e a habilidade que ele possui é importantíssima para garantir a sua posição de soberano. Por esse motivo, ele terá a dura missão de sobreviver até conseguir chegar em Nabari. Para ajudá-lo nessa empreitada, o seu melhor amigo de classe Koichi Aizawa, o seu professor de inglês Tobari Kumohira, e uma garota samurai de 14 anos chamada Raimei Shimizu, estarão protegendo Miharu até que ele consiga atingir os seus objetivos. Em oposição a eles, estará o clã Iga, cuja maior ambição é conquistar o Shinra Banshou, e impedir Miharu de subir ao trono.