Durante uma excursão escolar, três garotas, Lucy Shidou, Marine Ryuuzaki, e Anne Hô-Ôji (Hikaru Shidou, Umi Ryuzaki, e Fuu Hô-Ôji em japonês), de três escolas distintas são convocadas da Torre de Tóquio pela Princesa Esmeralda para salvarem Zefir.
Ao chegarem lá são recepcionadas por Guru Cléf. Cléf conta sobre a situação daquele mundo mágico onde a Princesa Esmeralda havia sido raptada pelo sumo sacerdote Zagard. Essas três garotas, foram convocadas para se tornarem as Guerreiras Mágicas de Zefir. Para conseguir isso, Cléf deu a cada uma delas uma armadura que evolui conforme seu desempenho e um poder diferente: Lucy Shidou - Fogo, Marine Ryuuzaki - Água e Anne Hô-Ôji - Vento. Para tornarem-se Guerreiras Mágicas, elas precisariam encontrar Priscila, a ferreira de Zefir. Priscila fez para cada uma delas espadas feitas de um minério lendário chamado Escudo, o único minério que faz espadas que evoluem. Depois de receberem as espadas feitas por Priscila, Lucy, Marine e Anne foram atrás de seus respectivos Mashins (Rayearth, Celes e Windom),com a ajuda de Mokona, que indicava-lhes o caminho.
Na procura por seus Mashins enfrentaram muitos inimigos como Askot, um pequeno feiticeiro, mas com grandes poderes, que era capaz de invocar monstros, Caldina, uma incrível dançarina, capaz de controlar qualquer um com sua dança, e Rafaga, o capitão da guarda que protegia a Princesa Esmeralda, e que foi hipnotizado por Zagard, quando tentou salvar a princesa. Também conheceram Fério, espadachim andarilho, que sempre que podia ajudava as Guerreiras Mágicas, e que possuía uma espécie de romance com Anne. Após acordarem todos os Mashins, evoluírem suas armaduras e suas espadas, elas foram ao encontro de Zagard para a batalha final. Elas conseguiram destruir Zagard, mas elas não sabiam que teriam que destruir a Princesa Esmeralda, porque ela havia se apaixonado por Zagard, e a única obrigação do pilar é rezar para a paz em Zefir. Assim, as Guerreiras mágicas cumpriram seu destino, matando a Princesa Esmeralda, e realizando seu maior desejo que era ficar ao lado do seu verdadeiro amor. Além disso, descobriram que Fério era irmão da Princesa Esmeralda.