Angel Sanctuary é uma história de um amor proibido que acontece em meio a uma batalha entre anjos e demônios. Setsuna Mudô é um adolescente de temperamento agressivo e poucos amigos. Uma das únicas pessoas que o entende e sempre o apóia é a sua irmã, Sara Mudô, por quem ele nutre um sentimento que está além de seu controle. Entretanto, anjos e demônios acreditam que Setsuna é a reencarnação de uma anjo chamada Alexiel, cujo poder é capaz de mudar o destino dos mundos astrais e materiais.
A história é repleta de revelações, suspense, aventura, drama e romance com um incontável número de personagens cada um com sua história e seu núcleo dentro dela.
